二宮八幡宮は旧高浜村の村社で、肥後の国司尾藤小卿肥後守隆房が肥後の国に七社建立した内の1社と言われています。その後、宝治年間(1247年~48年)に小代氏が下向してからは、野原八幡宮を鎮守本社、高浜二宮・井出三宮・蔵満四宮を鎮守摂社として崇敬。当社には、祭祀料田一町歩・修理田四反分を寄進し、野原八幡宮の神宮寺・霊験寺の所管としました。
社は元禄3年(1690年)に社殿を改築。その後社殿が荒廃したため宝暦7年(1757年)の冬12月に再興しました。大正7年に神殿を原形のまま、西方高地の現在の場所に奉遷、拝殿も原形のまま神殿跡に移動、幣殿の改築がなされました。その後昭和51年に拝殿が改築されました。
現在、二宮八幡宮は長洲町建浜区と荒尾市高浜区の氏神様で、毎年10月11日が祭日となっています。